La solución propuesta es bastante de andar por casa. No es necesario hacer el paso intermedio de introducir ## ni tampoco hacer después varias búsquedas para eliminar uno, dos, tres,... saltos de párrafo seguidos.
Utilizando la búsqueda con expresiones regulares basta con hacer 2 operaciones de buscar y reemplazar:
1.- En el recuadro de buscar teclear ^[ \t]*$, dejar el de reemplazar vacío y pulsar el botón de reemplazar todo. Esto busca todas las líneas que sólo contengan cualquier combinación de espacios y tabuladores y los elimina.
2.- En el recuadro de buscar teclear ^$, dejar el de reemplazar vacío y pulsar el botón de reemplazar todo. Esto busca todas las líneas vacías y las elimina.

Gracias Juan por compartir tu solución

Hola a todos, seguí el consejo que puso Juan en los comentarios; pero me siguen quedando dos marcas de párrafo seguidas. Hay forma de eliminar y que quede solo una?? gracias a todos.

Muchas gracias por las soluciones aportadas!!

Me gusta editar textos para leerlos mejor y este es un fallo típico. He probado varios métodos y experimentado. No me han servido ni el del post ni el comentado por Juan, pero encontré uno rapidísimo:

Buscar:$
Reemplazar: vacío pero en formato negrita (solo marca los saltos de párrafos vacíos)

Buscar:$ en negrita
Reemplazar: vacío ya sin formato ninguno

Espero que también os funcione porque no comprendo como no a todo el mundo les reacciona igual cada método

buscar: ^ *$
sustituir: dejar vacío

A mí el que me ha servido es uno basado en el de Marta Guerra.

Buscar:$
Reemplazar: vacío pero en formato negrita (solo marca los saltos de párrafos vacíos)

Buscar:$
Reemplazar: \n\n

El último reemplazar sería sin formato alguno.